在海滩旁的一个洞里，他们发现有一只小船。他们登上小船，沿洞继续向前探寻。在距洞口将近一千米处的湖中心，他们看见一艘长长的、雪茄烟似的潜水船。他们登上潜水船，沿舱口下去，走进一间宽敞华丽的大厅。在大厅的沙发上躺着的，正是他们日夜思念、急于寻找的那个常在暗中帮助他们的神秘人——尼摩船长。
尼摩船长给大家讲述了自己的身世。他原是印度的达卡王子。早年，他曾领导本国人民反抗英国侵略者。失败后，他躲到太平洋的荒岛上，造了一艘潜水船，自称尼摩船长，在海洋深处一藏就是三十年。他热衷于做好事，史密斯他们在岛上的三年里所遇到的神秘怪事，都是他干的。尼摩船长讲完自己的身世后，便安详地死了。大家根据他生前的要求，把他安身的潜水船沉入海底，然后带着他赠送的价值亿万的财宝，回到了“花岗石宫”。
1869年1月，他们在岛上已生活了将近四年。当他们正抓紧赶造大船，准备返回国土的时候，岛上的火山爆发了。火山先是连续三个月喷着水汽，接着便冒出灰柱子般的浓烟。浓烟升空后四面散开，形成一个巨大的蘑菇。火山口逐步扩大，火光照红了天空。一股洪流般的岩浆从火山口倾泻下来，吞没了畜栏，焚毁了森林，填平了河谷……最后，整个岛屿被吞噬得只剩下一块高出水面约三米的孤岩，上面站着史密斯他们六个人和一条狗。