1821年11月，巴拿马爆发反对西班牙殖民统治的人民起义，11月28日，巴拿马宣布脱离西班牙而独立，并加入“大哥伦比亚联邦共和国”(由今哥伦比亚、委内瑞拉、巴拿马和厄瓜多尔组成)。1830年，大哥伦比亚解体后，巴拿马于1831年作为一个省加入新格拉纳达共和国(1886年改称“哥伦比亚共和国”)。从19世纪中叶起，巴拿马与哥伦比亚之间的经济与政治矛盾激化。巴拿马人曾多次举行反对哥伦比亚当局的起义。巴拿马的经济经历了深刻的危机。19世纪末至20世纪初，哥伦比亚的长期内战加深了巴拿马的经济危机。巴拿马人要求脱离哥伦比亚，建立独立国家。
1903年1月22日，美国强迫哥伦比亚政府签署《美国和哥伦比亚关于通航运河的专约》，主要内容是：美国一次付给哥伦比亚1000万美元，取得对巴拿马运河的开凿权和永久租让权。但该条约被哥伦比亚议会否决而未能生效，引起美国的极大不满。于是，美国便利用巴拿马人要求脱离哥伦比亚的愿望，在巴拿马建立和支持对它有利的分裂派。美国通过其代理人布诺·瓦里亚(法国人)暗中活动，同巴拿马上层人物曼努埃尔·阿马多尔·格雷罗和何塞·奥古斯丁·阿兰戈策划政变。