在大西军和清军主力转移以后，四川、贵州大部分地区实际上处于分裂割据状态。南明自弘光朝廷以来虽然任命了阁部、总督、巡抚之类的高级官员，大抵仅拥虚名，实权分别掌握在盘踞各地的军阀手里，他们当中的许多人只知互相争权夺利，不能组成一支统一的队伍，利用清军势单力薄的机会收复全川。其中主要的人物有：
杨展，四川嘉定（今乐山）人，明崇祯十二年武进士，任职参将。大西军入川后他一度被俘，逃出后在叙州（今宜宾）拼凑了一支军队，1646年进抵嘉定、峨眉一带。在兵荒马乱、哀鸿遍野的情况下，杨展能够注重恢复生产，“遣使告籴黔楚，自绅士以下至弟子生员皆给资，农民予牛种，使择地而耕，愿从戎者补伍，百工杂流各以艺就养，孤贫无告者廪之”[35]。由于措施得力，一年以后成绩斐然，成了当时四川唯一自给有余的地方。南明永历朝廷先后给他加封华阳伯、锦江侯。
王祥，原为明朝参将，大西军占领四川时他收集了部分残兵盘踞于遵义地区。1647年六月，他趁清军北返出兵入川，前锋总兵王命臣一直推进到顺庆府（府治在南充）。为了扩张自己的势力，他不惜竭泽而渔地榨取地方残存黎民。例如在顺庆府，“其始也，每家给免死牌一张，需银若干两；其继也，每牛给牛票一张，需银若干两。未几，而牵其牛，掠其人，掘其粮，焚其室。胥西南之民而兵之，朝而负耒，夕而荷戈矣”[36]。1648年（顺治五年），清廷委任的夔州镇总兵卢光祖、叙南镇总兵马化豹、永宁镇总兵柏永馥占领顺庆，王命臣等逃回，王祥所据地盘自遵义至江津、合州、彭水、黔江一带。